京都大學(xué)現(xiàn)共有10個(gè)學(xué)部，分別是：
綜合人知學(xué)部：含人類科學(xué)系、國(guó)際文明學(xué)系、文化環(huán)境學(xué)系、認(rèn)知情報(bào)學(xué)系、自然科學(xué)系；
文學(xué)部：含人文學(xué)科；
教育學(xué)部：含教育學(xué)、社會(huì)學(xué)、心理學(xué)3系，共14個(gè)講座；
法學(xué)部：僅有法律學(xué)一個(gè)系，含公法、民刑法、基礎(chǔ)法學(xué)及政治學(xué)4科，共39個(gè)講座。附屬圖書館中設(shè)國(guó)際政治法律文獻(xiàn)中心；
經(jīng)濟(jì)學(xué)部：含經(jīng)濟(jì)學(xué)、經(jīng)營(yíng)學(xué)2系，共11個(gè)講座；
理學(xué)部：該學(xué)部幾乎包括自然科學(xué)各個(gè)領(lǐng)域，包括數(shù)、理、化、生、宇宙、地球科學(xué)等9個(gè)系，共70個(gè)講座。各系既相互獨(dú)立又相互交叉。設(shè)施有兩個(gè)天文臺(tái)，8個(gè)火山、地震、氣候、天體學(xué)等方面的觀測(cè)所，4個(gè)海洋實(shí)驗(yàn)所，一個(gè)植物園等；
醫(yī)學(xué)部：含有基礎(chǔ)和臨床兩大分部的若干系科，共有39個(gè)講座。附屬機(jī)構(gòu)有校醫(yī)院、腦神經(jīng)研究、免疫學(xué)研究設(shè)施、人體先天異常標(biāo)本中心、綜合解剖中心、動(dòng)物實(shí)驗(yàn)設(shè)施等；
工學(xué)部：學(xué)部含24個(gè)系，168個(gè)講座。研究領(lǐng)域涉及冶金、電氣、自動(dòng)化、航空、機(jī)械、原子能、土木建筑、化工、交通、信息工程等。附屬機(jī)構(gòu)有離子工程、自動(dòng)化研究所、環(huán)境微量污染防治、重質(zhì)炭資源轉(zhuǎn)換等工程研究設(shè)施；
藥學(xué)部：含藥學(xué)、制藥化學(xué)兩系，共13個(gè)講座，附設(shè)藥用植物園；
農(nóng)學(xué)部：含10個(gè)系，53個(gè)講座，并有附屬農(nóng)場(chǎng)、林場(chǎng)、牧場(chǎng)、及供農(nóng)學(xué)研究、亞熱帶作物、水產(chǎn)、細(xì)胞培養(yǎng)、農(nóng)業(yè)會(huì)計(jì)等方面進(jìn)行研究的設(shè)施等。